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Sebastián Eguren Ledesma nasceu em 8 de janeiro de 1981, em Montevidéu, Uruguai. Ele iniciou sua carreira profissional no Montevideo Wanderers, clube uruguaio, em 1999.
Em 2008, Eguren se transferiu para o Sociedade Esportiva Palmeiras, do Brasil. Ele se tornou um jogador importante para o clube, atuando como meio-campista defensivo. Durante sua passagem pelo Palmeiras, Eguren conquistou o Campeonato Paulista em 2008 e a Copa do Brasil em 2012.
Eguren representou a seleção uruguaia em 54 partidas entre 2004 e 2013. Ele participou da Copa do Mundo de 2010 e da Copa América de 2011.
Após deixar o Palmeiras, Eguren jogou por vários outros clubes, incluindo Nacional (Uruguai), Sporting Gijón (Espanha), Colón (Argentina) e Peñarol (Uruguai). Ele se aposentou do futebol profissional em 2019.
Eguren era conhecido por seu estilo de jogo físico e combativo. Ele era um meio-campista defensivo habilidoso, com boa capacidade de desarme e passe.